Η Φολέγανδρος, μεταξύ Μήλου και Σικίνου, με έκταση περίπου 32 τ.χλμ. κατατάσσεται δέκατη ένατη μεταξύ των Κυκλάδων. Το νησί δεν χαρακτηρίζεται από σημαντικά προς εκμετάλλευση πετρώματα ή μεταλλεύματα ούτε διαθέτει σημαντικούς φυσικούς όρμους και άφθονες πηγές νερού. Ωστόσο, παρά τη δυσμένεια σε φυσικούς πόρους, που ως ένα σημείο εξηγεί τη γενική πενιχρότητα αρχαιολογικών καταλοίπων και αρχαίων γραπτών μαρτυριών, το νησί διαθέτει σημαντικές αρχαιολογικές θέσεις.
Η πρωιμότερη κατοίκηση στο νησί έχει εντοπιστεί στη βραχώδη βορεινή χερσόνησο του Κάστελλου, που βρίσκεται μεταξύ του όρμου του Αγ. Γεωργίου στα ανατολικά και της Λυγαριάς στα δυτικά. Πάνω σε αυτόν τον αφιλόξενο σήμερα βράχο βρίσκονται τα κατάλοιπα ενός μικρού οικισμού που έχει χρονολογηθεί από επιφανειακά ευρήματα στην Πρωτοκυκλαδική ΙΙ περίοδο (περ. 2.600-2.300 π.Χ.). Τα κατάλοιπα του οικισμού υφίστανται επί χιλιετίες την αμείλικτη φθορά της δράσης του θαλάσσιου περιβάλλοντος και της διάβρωσης των βράχων. Αν και η θέση δεν έχει ανασκαφεί, διακρίνονται επιφανειακά τμήματα πολλών τοίχων κυκλικών και ορθογώνιων κτισμάτων, ίσως και τμήμα τείχους που δείχνει να προσέφερε προστασία από την πλευρά της στεριάς.
Κατά τους ιστορικούς χρόνους και μέχρι την κατασκευή του μεταβυζαντινού Κάστρου, πυρήνας της κατοίκησης στη Φολέγανδρο υπήρξε το ακατοίκητο σήμερα Παλαιόκαστρο, στην πλαγιά πάνω από τη σημερινή Χώρα, όπου δεσπόζει ο επιβλητικός ναός της Παναγίας. Από την εποχή της εγκατάλειψης της κατοίκησης στο Παλαιόκαστρο και τη μετεγκατάσταση στην περιοχή του Κάστρου τα κατάλοιπα της παλιάς πόλης λιθολογήθηκαν εκτεταμένα. Ωστόσο, τα διάσπαρτα επιφανειακά κατάλοιπα μαρτυρούν την ύπαρξη μιας τειχισμένης αρχαίας πόλης. Επίσης, τμήμα αναλήμματος εντός του σύγχρονου νεκροταφείου, κατάλοιπα μεγάλου ομβροδέκτη και πύργου πιθανόν του οχυρωματικού συστήματος της αρχαίας πόλης, τα οποία χρονολογούνται στον 4ο αι. π.Χ., μαρτυρούν ακμαία οικοδομική.
Το πιο ιδιαίτερο αρχαιολογικό μνημείο του νησιού είναι σίγουρα η επονομαζόμενη Χρυσοσπηλιά που βρίσκεται χαμηλά (υψόμετρο περ. 25 μ.) στην εξαιρετικά απόκρημνη πλαγιά στα ΒΑ του Παλαιοκάστρου. Η (λατρευτική;) χρήση της χρονολογείται κατά βάση από τον 4ο αι. π.Χ. έως την ύστερη αρχαιότητα. Αξιοθαύμαστο δημιούργημα των αρχαίων Φολεγανδρίων είναι η οικοδόμηση λιθόκτιστων σκαλιών σε ακραία κρημνώδες σημείο της τρομακτικής χερσαίας πρόσβασης στο σπήλαιο.
Επίνειο της αρχαίας πόλης του νησιού, τουλάχιστον κατά τους ρωμαϊκούς, ύστερους ρωμαϊκούς και πρώιμους βυζαντινούς χρόνους υπήρξε ασφαλώς ο όρμος Λιβάδι. Ιδίως στη χερσόνησο, που βρίσκεται μεταξύ του όρμου Λιβάδι στα νότια και του όρμου Πουντάκι στα βόρεια, φαίνεται πως υπήρξε σημαντική εγκατάσταση, όπως μαρτυρούν κατάλοιπα αρχαίων τοίχων και άφθονη επιφανειακή κεραμική.
Τάνια Πανάγου, αρχαιολόγος Εφακύκ