Η μεγάλη θρησκευτική γιορτή των Ελλήνων νησιωτών γινόταν στη Δήλο, το ιερό νησί το Απόλλωνα, όπου συμμετείχαν πρεσβείες από όλες τις πόλεις. Ωστόσο, υπήρχαν 22, σύμφωνα με την αρχαία παράδοση, δευτερεύοντα ιερά του Δηλίου Απόλλωνα, όπου διοργανώνονταν αντίστοιχες γιορτές. Βρίσκονταν κατά κανόνα σε υψώματα, κοντά στην πόλη, με θέα, ει δυνατόν, προς τη Δήλο, από όπου δινόταν η φωτεινή ειδοποίηση για να ξεκινήσει η γιορτή. Ως «Δήλιο» ταυτίστηκε, μόλις το 1972, και ο ναός στη νησίδα «Βάκχος» ή «Παλάτια», σε δεσπόζουσα θέση με οπτική επαφή με το ιερό νησί της Δήλου στο βόρειο άκρο του λιμανιού της Χώρας της Νάξου (όπου σύμφωνα με τη μυθολογία ο Θησέας εγκατέλειψε την Αριάδνη) Η σύνδεση της νησίδας με την πόλη της αρχαίας Νάξου πραγματοποιήθηκε το 1919. Να σημειωθεί, ωστόσο, ότι στην αρχαιότητα, πριν από την ανύψωση της στάθμης της θάλασσας, τα Παλάτια ήταν ένας χαμηλός λόφος μπροστά από τον οποίο απλωνόταν πεδινή έκταση έως και το «Κάστρο. Παραμένει άγνωστο πότε αποκόπηκε από την ξηρά με τη διάνοιξη πορθμού. Έχει ειπωθεί, όμως, ότι τούτο μπορεί και να συνέβη επί τυραννίας του Λυγδάμη οπότε οικοδομήθηκε και ο αρχαϊκός ναός.
Ήδη από τον 9ο και 8ο αιώνα π.Χ., επί καταλοίπων της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού, στον «Βάκχο» λειτουργούσε υπαίθριο ιερό προς τιμήν του Απόλλωνα. Το 530 π.Χ. Λύγδαμις αποφάσισε να οικοδομήσει εκεί ναό, ο οποίος θα ήταν επιβλητικότερος όλων των «Δηλίων», ακόμη και εκείνου της ίδιας της Δήλου. Η ανατροπή του το 524 π.Χ. ματαίωσε τα σχέδια του που δεν υλοποιήθηκαν ούτε από τους «διαδόχους» τους. Ο ναός έμεινε ημιτελής.
Aπό τα θεμέλια του ναού μπορεί να «ανασυσταθεί» η κάτοψή του μνημείου, που θα ήταν ολομάρμαρο: γύρω από έναν τρίκλιτο ναό με πρόναο και οπισθόδομο θα υψωνόταν μία περίσταση με 6×12 κίονες, η οποία, στις στενές πλευρές διπλασιαζόταν, δίνοντας έτσι στις όψεις την πλούσια διάρθρωση του βάθους ενός δίπτερου ναού, στο πρότυπο των μεγάλων δίπτερων ναών των νησιών του Ανατολικού Αιγαίου και της Ιωνίας. Προφανώς ο Λύγδαμις είχε εμπνευστεί από το Ηραίο της Σάμου, έργο του Πολυκράτη. Ο κυρίως ναός, διαστάσεων 15,40×36,85 μ. αντιστοιχεί στο μέγεθος του ναού του Διός στην Ολυμπία
Υπολογίζεται ότι οι κίονες θα είχαν ύψος περίπου 13 μ., με αισθητά χαμηλότερες αναλογίες, θυμίζοντας τη στατικότητα και την ισορροπία της σύγχρονης δωρικής αρχιτεκτονικής. Παρόλα αυτά, είχε προβλεφθεί ιωνικός διάκοσμος, με ελικωτά κιονόκρανα, πάνω στα οποία στηρίζονταν ο θριγκός, το επιστύλιο, η ζωφόρος, το γείσο και η σίμη.
Η περίσταση (περίμετρος) 24,32 χ 55,17, μπορεί να είναι μόνο η μισή του αντίστοιχου σαμιακού, δίπτερου ναού που έκτισε ο Πολυκράτης, αλλά θα μπορούσε να εγκιβωτίσει τον oίκο των Ναξίων (που ήταν το μεγαλύτερο κτίσμα της εποχής στη Δήλο) και τον ναό των Υρίων (που ήταν ο μεγαλύτερος ναός στη Νάξο) επί δύο.
Πάντως, η περίσταση δεν ολοκληρώθηκε. Ήδη κατά την τοποθέτηση των θεμελίων οι οικοδομικές εργασίες σταμάτησαν λόγω της ανατροπής του ιδρυτή του ναού. Είχαν υψωθεί οι μαρμάρινοι τοίχοι ως τη μαρμάρινη στεφάνη, τους 8 κίονες του σηκού και τους 4 κίονες «εν παραστάσι», έμειναν όμως δίχως οροφή και στέγη. Οι τοίχοι διαμορφώνονταν εξωτερικά από μεγάλές, πυκνά τοποθετημένες μαρμάρινες λειασμένες λιθοπλίνθους, που εσωτερικά διαμορφώνονταν από μικρότερους λίθους και ανοιχτούς αρμούς. Αυτή η αντίθεση ανάμεσα στις δύο επιφάνειες, κοινή στα περισσότερα λατρευτικά κτίσματα των Κυκλάδων του 6ου αι. π.Χ. , οφείλεται στο γεγονός ότι οι τραχείς τοίχοι έφεραν εσωτερικά επίχρισμα που αποτελούσε την επιφάνεια της γραπτής διακόσμησης.
Σήμερα παραμένει όρθια η επιβλητική πύλη του ναού, η «Πορτάρα» τοπόσημο και σημείο αναφοράς του νησιού της Νάξου. Η «Πορτάρα» δίνει μία εικόνα της μνημειακότητας και των αξιώσεων του έργου του τυράννου. Αποτελείται από ένα περίθυρο από 4 τεράστια μαρμάρινα τμήματα, μήκους περίπου 6 μ. και βάρους 20 τόνων, πάνω στα οποία διακρίνεται η ημιτελής μορφή από 3 οριζόντιες ταινίες (ζώνες) και 2 αστραγάλους στα άκρα. Επάνω συμπληρώνεται μία τριπλή σειρά από μεγάλα κυμάτια με απόληξη ενός γείσου, που εκατέρωθεν στηρίζεται σε καταλοβείς (φουρούσια). Αυτή η δομή της πόρτας παραμένει δεσμευτική για τα ιερά κτίσματα των Κυκλάδων. Στα κλασικά χρόνια τη μιμείται η βόρεια είσοδος του Ερεχθείου. Το περίθυρο είναι πολύ πιο πλατύ και ογκώδες από εκείνα σε παρόμοιες πύλες. Τα εσωράχια είναι τόσο βαθιά, ώστε το πλαίσιο υψώνεται εσωτερικά πάνω από τον τοίχο, διαμορφώνοτας έτσι ένα είδος «σκηνής σε πατάρι». Το κατώφλι υψώνεται 1,20 μ. περίπου πάνω από το δάπεδο του προδόμου και του σηκού, έτσι θα πρέπει να υπήρχε μία στενή σκάλα για την πρόσβαση. Μία τέτοια θεατρική «θύρα επιφανείας» του θεού με υπερυψωμένο κατώφλι απαντά και στον ελληνιστικό ναό του Απόλλωνα στα Δίδυμα, όπου φανερώνονταν οι χρησμοί του Απόλλωνα.
Στα λατομεία των Μελάνων υπάρχει υπέρθυρο μήκους 7 μέτρων για τη θύρα που προβλεπόταν αρχικά με κανονικό πάχος τοίχου. Την πρόσβαση στον ναό των Παλατιών αποτελούσε μία κανονική θύρα από τα βόρεια.
Το σύνολο του ναού του Δηλίου Απόλλωνος στη Νάξο, παρά τον φανερό ιωνικό του χαρακτήρα, ενσωματώνει δωρικά χαρακτηριστικά όπως πιο ογκώδεις κίονες από τους συνήθεις, λεπτούς ιωνικούς, και κατ’επέκταση βρίσκεται στο μεταίχμιο ανάμεσα στην ανάλαφρη ιωνική και την ογκώδη δωρική αρχιτεκτονική της εποχής Η πρόθεση του τυράννου να ενστερνιστεί η νησιωτικό-ιωνική αρχιτεκτονική τις μνημειώδεις διαστάσεις, οι οποίες είχαν πολύ νωρίτερα κατακτήσει την πλαστική, απέτυχε. Κατά κάποιον τρόπο αυτό το εγχείρημα συνεχίστηκε στα κλασικά κτίσματα της Ακρόπολης των Αθηνών, όπου τελειοποιήθηκαν τόσες πολλές ιδέες και μορφές της κυκλαδικής αρχιτεκτονικής σε μάρμαρο.
Ταυτόχρονα με την ανέγερση του ναού στα Παλάτια, ο Λύγδαμις ξεκίνησε και στην Πάρο την οικοδόμηση ενός πρόστυλου ναού με ισομεγέθη σηκό. Ίσως με αυτόν τον τρόπο ήθελε να προβάλει την κυριαρχία του επί της υποτελούς γείτονος πόλης. Η μαρμάρινη πόρτα είχε ακριβώς ίσες εσωτερικές διαστάσεις, αλλά ένα αισθητά πιο στενό και ρηχό περίθυρο, το οποίο επομένως δεν διαμόρφωνε σκηνή. Επίσης, στο σχέδιο δεν προβλεπόταν περίσταση. Και αυτό το δεύτερο μεγάλο κτίσμα δεν ολοκληρώθηκε, αλλά μάλλον παραδόθηκε στη λατρεία της Πολιούχου Αθηνάς.
Όταν Μιλήσιοι και Ερυθραίοι επέδραμαν κατά της Νάξου με σκοπό την κατάκτησή της, χρησιμοποίησαν τη νησίδα Βάκχος (Παλάτια) ως φρούριο. Κατά τον 5ο, ή 6ο μ.Χ. αιώνα ο αρχαίος ναός μετατράπηκε σε χριστιανική βασιλική γύρω από την οποία αναπτύχθηκε οικισμός, αρκετά αξιόλογος για την εποχή, που επιβίωσε μέχρι την εποχή της καταστροφής του ναού, την εποχή της Ενετοκρατίας. Τότε, ο σκελετός του αρχαίου ναού χρησίμευσε ως λατομείο και τα μάρμαρά του χρησιμοποιήθηκαν για την κατασκευή άλλων κτισμάτων, κυρίως του Κάστρου της Χώρας. Η πύλη διασώθηκε, χάρη στο μέγεθος και το βάρος της που δεν την καθιστούσαν βολικό οικοδομικό υλικό.
