Το Επιτόπιο Μουσείο Μητρόπολης δημιουργήθηκε το 1999 και είναι το πρώτο στο είδος του μουσείο στην Ελλάδα και ένα από τα ελάχιστα διεθνώς, που δίνει την δυνατότητα περιήγησης ανάμεσα στα αρχαία κατάλοιπα, στο ίδιο ακριβώς σημείο όπου αυτά βρέθηκαν κατά την ανασκαφή: από τη μυκηναϊκή πόλη των τελευταίων αιώνων της δεύτερης π.Χ. χιλιετίας, διατηρήθηκε τμήμα του πλίνθινου σε λίθινη κρηπίδα τείχους της. Μέσα από το τείχος αποκαλύφθηκαν χώροι εργαστηρίων κατασκευής αγγείων: πάγκοι πάνω στους οποίους ήταν ακουμπισμένα ακόμη άψητα αγγεία, λεκάνες για το βάψιμο των τελευταίων με καολίνη, φούρνος για το ψήσιμο, κοντά στον οποίο βρέθηκε ένας από τους μεγαλύτερους γνωστούς μυκηναϊκούς κρατήρες (εκτίθενται αντίγραφα). Πρόκειται για έναν από τους λίγους και ο καλύτερα διατηρημένος χώρος εργαστηριακής δραστηριότητας της Ύστερης Εποχής του Χαλκού στο Αιγαίο. Οι κατασκευές και τα ευρήματα έδωσαν πολλές πληροφορίες για τη βιοτεχνική υποδομή του οικισμού και για το εκτεταμένο δίκτυο των επαφών της Νάξου με την ηπειρωτική Ελλάδα, την Κύπρο και την Ανατολική Μεσόγειο κατά τον 12ο και τον 11ο αιώνα π.Χ.
H αποκάλυψη του κεραμικού εργαστηρίου καθιστά τη Νάξο το μοναδικό κέντρο παραγωγής εικονιστικών και άλλων αγγείων πολυτελείας του 12ου αι., στο οποίο έχει βρεθεί ο εργαστηριακός χώρος κατασκευής τους, ή τουλάχιστον ένας από τους χώρους αυτούς. Ιδιαίτερα σημαντικό εύρημα είναι και ο χωμάτινος τύμβος της Γεωμετρικής περιόδου, που απέδιδε ηρωική λατρεία στις ταφές των προγόνων. Τον 2ο μ.Χ. αιώνα ανεγέρθηκαν σπίτια, κατάλοιπα των οποίων μπορούν να θαυμάσουν οι επισκέπτες.
