Η ιστορία της Κύθνου όπως και των άλλων δυτικών Κυκλάδων από τις αρχές της χιλιετίας 3ηης χιλιετίας π.Χ είναι συνυφασμένη με την παρουσία μεταλλευμάτων (χαλκού και σιδήρου). Στο νησί έχουν εντοπισθεί προϊστορικές θέσεις εξόρυξης και εκκαμίνευσης χαλκού και κοντά σε αυτές μικρές πρωτοκυκλαδικές εγκαταστάσεις.
Σημαντική είναι η επιφανειακή έρευνα στην ανατολική ακτή και στο ΒΔ τμήμα του νησιού που πραγματοποιήθηκε από τους Ι. Μπασιάκο και Ο. Φιλανιώτου, η οποία στηρίχθηκε σε γεωλογική έρευνα πεδίου και σε μεταλλουργικές – γεωχημικές αναλύσεις.
Στα ΒΔ τμήμα του νησιού τα μεταλλεία χαλκού στα Άσπρα Κελιά και στην Πέτρα σχετίζονται με τις θέσεις εκκαμίνευσης χαλκού Πούντα, Σιδερή και Παλιόπυργος – Άσπρα Σπίτια. Στις θέσεις αυτές υπάρχουν επιφανειακά σκωρίες και θραύσματα μεταλλευτικών κλιβάνων (εκ των οποίων πολλά φέρουν διατρήσεις), όστρακα και εργαλεία. Στα Άσπρα Σπίτια (Παλιόπυργος), είναι εντυπωσιακή η παρουσία σκωριών χαλκού και θραυσμάτων κλιβάνων, κυρίως γύρω από τον αρχαίο πύργο που σώζεται ενσωματωμένος σε νεώτερο κελί. Στην περιοχή έχουν εντοπισθεί μικρές πρωτοκυκλαδικές εγκαταστάσεις που σχετίζονται με τις παραπάνω μεταλλευτικές δραστηριότητες (Κακόβολο, Άσπρα Σπίτια) .
Στη ΒΑ ακτή του νησιού κυριαρχούν οι «Σκουριές», ένα πλάτωμα με απότομες πλαγιές προς τη θάλασσα στα βόρεια της χερσονήσου του Αγίου Ιωάννη, σε σημείο εκτεθειμένο στους ανέμους. Κρίνοντας από τις μεγάλες ποσότητες σκωριών χαλκού φαίνεται ότι πρόκειται για προϊστορική θέση εντατικής εκκαμίνευσης με μεγάλη διάρκεια ζωής . Σύμφωνα με τις αναλύσεις, στις Σκουριές παραγόταν αρσενικούχος χαλκός και η θέση χρονολογήθηκε με C14 στην πρωτοκυκλαδική περίοδο.
Νοτίως των Σκουριών άλλη θέση εκκαμίνευσης είναι οι Λεύκες και πιθανώς σχετίζονται με το κοντινό Ζογκάκι όπου ανάμεσα στα κατάλοιπα των σύγχρονων μεταλλείων , έχουν εντοπισθεί ορυκτά χαλκού (μαλαχίτης και αζουρίτης)
Κατά τους ιστορικούς χρόνους ο χαλκός δίνει τη θέση του στο σίδηρο, Έχουν επισημανθεί μεταλλεία κλασικών και ρωμαϊκών χρόνων στο Ζογκάκι, στην Κανάλα και στις Μηλιές κοντά στη Δρυοπίδα. καθώς και στο σπήλαιο Καταφύκι. Στο Βρυόκαστρο (αρχαία πόλη) επιφανειακά υπάρχει μεγάλος αριθμός σκωριών σιδήρου που μαρτυρούν έντονη μεταλλευτική δραστηριότητα.
Η σύγχρονη μεταλλευτική δραστηριότητα ξεκίνησε στην Κύθνο το 1880 και σταμάτησε το 1940. Εντυπωσιακές εγκαταστάσεις από αυτή τη δραστηριότητα είναι ορατές σήμερα σε διάφορα σημεία του νησιού (Κακόβολο, Ζογκάκι, Λεύκες, Δρυοπίδα).
