Η Φυλακωπή είναι ένας από τους σημαντικότερους οικισμούς στο προϊστορικό Αιγαίο, με διαδοχική κατοίκηση σε όλη τη διάρκεια της Εποχής του Χαλκού (3η και 2η χιλιετία π.Χ.). Το μικρό ύψωμα, στο οποίο είναι κτισμένος, ήταν κάποτε ακρωτήριο με έναν μεγάλο κόλπο ανατολικά που σχημάτιζε προστατευμένο ορμίσκο στα νότια. Σήμερα, ο κόλπος έχει καλυφθεί από προσχώσεις και η διάβρωση έχει συμπαρασύρει μέρος του ακρωτηρίου και των αρχαίων καταλοίπων στη θάλασσα.
Την πρωιμότερη ένδειξη κατοίκησης στη Φυλακωπή αποτελεί ένα μικρός οικισμός της πρωτοκυκλαδικής περιόδου (3η χιλιετία π.Χ.), ο οποίος έως τα τέλη της 3ης χιλιετίας σταδιακά επεκτείνεται (Φυλακωπή Ι). Αναπτυσσόμενος διαρκώς κατά τη Μέση Εποχή του Χαλκού (α΄ μισό 2ης χιλιετίας π.Χ. / Φυλακωπή ΙΙ), είναι ίσως ο μόνος οικισμός στο νησί προς το τέλος της περιόδου, με εκτιμώμενη έκταση πάνω από 10 στρέμματα. Η εκτεταμένη καταστροφή του αποδίδεται σε σεισμό.
Στις αρχές της Ύστερης Εποχής του Χαλκού (περί τα μέσα της 2ης χιλιετία π.Χ.) κατασκευάζεται στον αυχένα του ακρωτηρίου ισχυρό τείχος με πολυγωνική τοιχοδομία και οδοντωτές όψεις. Ο οικισμός ανοικοδομείται (Φυλακωπή ΙΙΙ) και αποκτά κτήρια διακοσμημένα με τοιχογραφίες εξαιρετικής τέχνης. Εξελίσσεται σε σημαντικό εμπορικό λιμάνι ανάμεσα στην Κρήτη και την ηπειρωτική Ελλάδα και αναπτύσσει επαφές με τους δύο κόσμους με υπερισχύουσες τις μινωικές επιρροές στην πρώτη φάση του. Τμήμα πήλινης πινακίδας με Γραμμική Α γραφή, που βρέθηκε σε μεγαροειδές κτίσμα, πιθανότατα διοικητικού χαρακτήρα, υποδεικνύει διοικητική οργάνωση σύμφωνα με τα μινωικά πρότυπα. Μέρος του οικισμού καταστρέφεται από φωτιά την περίοδο της σταδιακής εξάπλωσης των Μυκηναίων στο Αιγαίο.
Τελευταίος στη σειρά διαδοχής είναι ο οικισμός που συμπίπτει με την περίοδο της μυκηναϊκής επικυριαρχίας στις Κυκλάδες (ΥΕ ΙΙΙ) (Φυλακωπή IV), ένας οικισμός με «αστικά» χαρακτηριστικά, ευρείες εξωτερικές επαφές και σημαίνουσα θέση στο Αιγαίο. Είναι πιθανότατα ο κεντρικός οικισμός στο νησί, με έκταση που υπολογίζεται σε 27 στρέμματα και πληθυσμό τουλάχιστον 900 άτομα. Έχει ισχυρή οχύρωση, που ενισχύεται, ανακατασκευάζεται και επεκτείνεται στις αρχές του 13ου αι. π.Χ., ορθογώνιες λιθόκτιστες οικίες, οργανωμένες κατά κανόνα σε οικοδομικές νησίδες, δίκτυο δρόμων προσανατολισμένο στα σημεία του ορίζοντα και αποχετευτικό σύστημα. Τοπόσημα του οικισμού αποτελούν δύο οικοδομήματα που προστίθενται κατά την ανοικοδόμηση του ανατολικού τμήματός του: το μέγαρο και το ιερό.
Το μέγαρο, μοναδικό, έως τώρα, παράδειγμα στις Κυκλάδες, οικοδομείται στις αρχές του 14ου αι. π.Χ. (ΥΕ ΙΙΙ Α περίοδος). Η αρχιτεκτονική του δομή (κεντρικό τμήμα με προθάλαμο, μεγάλη αίθουσα πιθανόν με κεντρική εστία, πλευρικοί διάδρομοι, πτέρυγες με βοηθητικούς χώρους) παραπέμπει στα μέγαρα των ελλαδικών μυκηναϊκών ανακτόρων. Η παρουσία του ερμηνεύεται ως αποτέλεσμα πολιτισμικής επίδρασης ή ως μαρτυρία εγκατάστασης Μυκηναίων από την ηπειρωτική Ελλάδα.
Το ιερό, σπάνιος για το Αιγαίο οργανωμένος δημόσιος αστικός χώρος λατρείας, ιδρύεται στις αρχές του 14ου αι. π.Χ. και στεγάζει το πήλινο λατρευτικό ειδώλιο γυναικείας θεότητας, γνωστό ως «Κυρά της Φυλακωπής». Μοναδικά, επίσης, ιδιότυπα ανδρικά ειδώλια με τονισμένα ανατομικά χαρακτηριστικά, αποδίδονται σε ανδρικές θεότητες, προοιωνίζοντας το Δωδεκάθεο των ιστορικών χρόνων. Στην τελική του μορφή το ιερό, αποτελείται από δύο ορθογώνιους χώρους–Δυτικό και Ανατολικό Ιερό, διαφορετικού προσανατολισμού, μεγέθους και κάτοψης, κτισμένα σε διαφορετικές χρονικές περιόδους, στα οποία διακρίνονται τρεις κύριες φάσεις χρήσης, με βάση επιμέρους αλλαγές, επισκευές και διαμορφώσεις. Λειτουργεί έως τις αρχές του 11ου αι. π.Χ. (μέση ΥΕ ΙΙΙΓ). Η εγκατάλειψή του, γύρω στο 1090 π.Χ., συμπίπτει με την εγκατάλειψη του οικισμού.
Η Φυλακωπή ερευνήθηκε ανασκαφικά από τη Βρετανική Σχολή Αθηνών (1896-1899, 1911, 1974-1977), ενώ περιορισμένη έρευνα έγινε από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Κυκλάδων δυτικά του τείχους (1964). Επεμβάσεις συντήρησης-στερέωσης των κτηριακών καταλοίπων έχουν πραγματοποιηθεί κατά καιρούς από την Αρχαιολογική Υπηρεσία, αλλά και από τη Βρετανική Σχολή Αθηνών. Η σημερινή διαμόρφωση του επισκέψιμου χώρου πραγματοποιήθηκε κατά τα έτη 2003-2008 από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Κυκλάδων στο πλαίσιο του έργου «Διαμόρφωση-ανάδειξη αρχαιολογικού χώρου Φυλακωπής» (Γ΄ ΚΠΣ).
Τα ευρήματα των ανασκαφών του 19ου αιώνα εκτίθενται στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο της Αθήνας ενώ εκείνα των υπόλοιπων ανασκαφικών περιόδων στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Μήλου.
Πέγκυ Πάντου