Η τρίκλιτη βασιλική της Αγίας Ειρήνης στην Περίσσα Θήρας, το σημαντικότερο πρωτοβυζαντινό μνημείο της Σαντορίνης, βρίσκεται στο νότιο επίνειο του Κάστρου της Αρχαίας Θήρας, γνωστό από τις πηγές ως Ελευσίνα.
Πρόκειται για τη μεγαλύτερη εκκλησία του νησιού και την δεύτερη του αρχιπελάγους μετά την Καταπολιανή Πάρου. Δέσποζε επί αιώνες στο πολύβουο λιμάνι, και τελικά έδωσε το όνομά της στο νησί που από Θήρα έγινε Σάντα Ειρήνη-Σαντορίνη.
Αρχικά, πιθανότατα στον 6ο αιώνα, είχε ανεγερθεί ως τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική με υπερώα. Σε δεύτερη φάση μετασκευάστηκε σε τρουλλαίο σταυρόσχημο ναό, όταν στις κιονοστοιχίες προστέθηκαν πεσσοί για να φέρουν την σύνθετη σταυρόσχημη θολοδομία, στο κέντρο της οποίας υψωνόταν τρούλλος. Αντίστοιχη συνεπτυγμένη τρουλλαία διάταξη απέκτησε και το βόρειο πρόσκτισμα του συγκροτήματος.
Οι τρουλλαίοι ναοί με δεσπόζουσα σταυρόσχημη διάταξη απαντούν στον 8ο αιώνα και συνδέονται με την εικονομαχική τάση να προβάλλεται και αρχιτεκτονικά το κυρίαρχο εικονομαχικό σύμβολο του σταυρού. Πλήθος πρωτοβυζαντινών βασιλικών, συνήθως μετά από κάποια καταστροφή, προσαρμόζονται στον νέο συρμό. Η Αγία Ειρήνη της Κωνσταντινούπολης είναι το πλέον προβεβλημένο παράδειγμα. Φαίνεται ότι η εικονοκλαστική ηφαιστειακή έκρηξη του 726 ερειπώνει την εκκλησία και ο αυτοκράτορας Λέων Γ΄ σπεύδει να την ανακαινίσει, μετατρέποντάς την σε σταυρόσχημη τρουλλαία. Η νομισματική μαρτυρία από τον χώρο επιβεβαιώνει την χρονολόγηση.
Την τρίτη φάση του μνημείου αποτελεί ο δίκλιτος καμαροσκέπαστος μεσοβυζαντινός ναός που έχει ανεγερθεί μετά την ερείπωση της τρουλαίας βασιλικής στο κεντρικό της κλίτος και διατηρεί μέχρι σήμερα το μεγαλύτερο μέρος της στέγης του.
