Το κτηριακό συγκρότημα της Παναγίας Επισκοπής βρίσκεται στα νότια του χωριού Μέσα Γωνιά, στην ανατολική πλαγιά απότομου λόφου που υψώνεται κοντά στο βραχώδη ορεινό όγκο του Προφήτη Ηλία. Έχει διαστάσεις 35Χ60μ. και περιλαμβάνει το καθολικό, τη δεξαμενή καθώς και κτίρια διαταγμένα σε σχήμα Π, τα οποία στη σημερινή τους μορφή φαίνεται ότι είναι κτίσματα του 19ου – 20ου αι., με εξαίρεση τη δεξαμενή που χρονολογείται πιθανόν στη βυζαντινή εποχή. Στο μέσο του συγκροτήματος υψώνεται ο μεσοβυζαντινός ναός της Επισκοπής που είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου, και διετέλεσε έδρα της ορθόδοξης και αργότερα της λατινικής επισκοπής. Πρόκειται για ένα από τα πιο αξιόλογα μνημεία των Κυκλάδων, με το οποίο σχετίζεται το όνομα του αυτοκράτορα Αλέξιου Κομνηνού, στενά συνδεδεμένο με τα σημαντικότερα βυζαντινά μνημεία του Αιγαίου. Ο ναός κτίστηκε κατά τον 11ο αιώνα με αυτοκρατορική χορηγία, όπως θέλει η παράδοση, και όπως αναγραφόταν σε επιγραφή, χαμένη σήμερα, η οποία βρισκόταν σε υπέρθυρο, στη νότια θύρα του νάρθηκα. Σύμφωνα με τον Giustiniani (1701), στην επιγραφή αναφερόταν: Αλέξιος εν χω (Χριστώ) τω ΘΩ (Θεώ) αυτοκράτωρ. Στη θέση του ναού υπήρχε παλαιότερα τρίκλιτη παλαιοχριστιανική βασιλική, τμήματα και γλυπτά της οποίας ενσωματώθηκαν στο μεσοβυζαντινό κτίσμα. Ο ναός είναι σταυροειδής εγγεγραμμένος με τρούλο και ανήκει στη λεγόμενη παραλλαγή των οκτάστυλων ναών με νάρθηκα και ιδιότυπα πλάγια διαμερίσματα.
Η διαμόρφωση μικρών παρεκκλησίων στη βόρεια και νότια πλευρά του, ο ισοπλατής με παρεκκλήσια νάρθηκας, αλλά και τα προσβάσιμα από τη στέγη τρουλαία παρεκκλήσια δημιουργούν ένα ενδιαφέρον οικοδομικό σύμπλεγμα. Στο εσωτερικό του η ποικιλία των μαρμάρινων αρχιτεκτονικών μελών, που καλύπτουν χρονολογικά μεγάλο διάστημα, φαίνεται να υποσκελίζονται μπροστά στο μεσοβυζαντινό μαρμάρινο τέμπλο, το οποίο σώζεται ολόκληρο, επεξεργασμένο με επιπεδόγλυφη τεχνική και κηρομαστίχη σε κόκκινο και μαύρο χρώμα. Στα παρεκκλήσια και στα εσωρράχια των τόξων του κυρίως ναού και του ιερού σώζονται ακόμη τοιχογραφίες, που θεωρούνται σύγχρονες με τη μεσοβυζαντινή φάση του μνημείου, συμπληρώνοντας το διάκοσμό του. Η χρονολόγηση των τοιχογραφιών στο τέλος του 11ου ή του 12ου αιώνα, αποτελεί ακόμη θέμα συζητήσεων ανάμεσα στους ειδικούς βυζαντινολόγους. Από τα σημαντικότερα κινητά έργα που συμπλήρωναν το λειτουργικό εξοπλισμό του ναού είναι η εικόνα της Παναγίας με το Χριστό, στον τύπο της Γλυκοφιλούσας, πλαισιωμένη με μορφές ιεραρχών, η οποία λατρεύεται μέχρι σήμερα και με ιδιαίτερο σεβασμό από τους πιστούς. Ο ναός, κηρυγμένος ως ιστορικό διατηρητέο μνημείο (Υ.Α. 9763/3.11.62 Φ.Ε.Κ. 415/19.11.62) έχει υποστεί αρκετές μετατροπές και προσθήκες ενώ από την παράδοση αναφέρεται και ως μονή. Κατά τη δεκαετία του 1960 πραγματοποιήθηκαν εργασίες συντήρησης των τοιχογραφιών από την Αρχαιολογική Υπηρεσία. Το 1986 έγιναν εργασίες στο ναό από τη 2η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, κατά τις οποίες επισκευάσθηκαν οι προσόψεις και αποκαταστάθηκε η κεράμωση της στέγης. Το 2003 πραγματοποιήθηκαν επείγουσες εργασίες διαμόρφωσης βοηθητικών χώρων στα βορειοδυτικά κτήρια του συγκροτήματος σε σχέση με εργασίες άμεσης στερέωσης του ορεινού όγκου (στα δυτικά) με αναλημματικό τοίχο. Το 2005 αποκαταστάθηκε η θύρα επικοινωνίας του νοτιοδυτικού διαμερίσματος με το νάρθηκα του ναού από εξειδικευμένο συνεργείο συντηρητών της 2ης Ε.Β.Α., ώστε να εξασφαλίζονται καλύτερες συνθήκες διατήρησης του τοιχογραφικού διακόσμου. Το 2006 πραγματοποιήθηκαν εργασίες αποκατάστασης και συντήρησης στο εσωτερικό των δυο παρεκκλησίων, Προφήτου Δανιήλ και Αγ. Γρηγορίου του Θεολόγου στη στέγη του νάρθηκα, ως επείγουσες για την προστασία των χώρων του κυρίως ναού κάτωθεν. Τέλος το 2009 πραγματοποιήθηκαν εργασίες μικρής κλίμακας επισκευής και συντήρησης των εξωτερικών επιχρισμάτων και των κουφωμάτων του.
Το 2023 πραγματοποιήθηκαν στο πλαίσιο του έργου «Πρόγραμμα μελετών, συντήρησης και προβολής μνημείων, μνημειακών συνόλων και μουσείων στα όρια του Δήμου Θήρας», στο πλαίσιο της Προγραμματικής Σύμβασης Πολιτισμικής Ανάπτυξης μεταξύ Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού/Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων, Περιφερείας Νοτίου Αιγαίου-Περιφερειακής Ενότητας Κυκλάδων και Δήμου Θήρας, εργασίες διερεύνησης – αποχωμάτωσης του περιβάλλοντος χώρου της βυζαντινής δεξαμενής και συγκεκριμένα διερευνητικές τομές στα επιχρίσματα των τοίχων που εγκιβώτιζαν τη δεξαμενή και την τσιμεντένια πλάκα που κάλυπτε το επάνω τμήμα. Μετά τις τομές ακολούθησε η καθαίρεση και αποξήλωσή τους. Αποκαλύφθηκαν νέα ευρήματα: α) εντοιχισμένα αρχιτεκτονικά μέλη στην τοιχοποιία που εγκιβώτιζε τη δεξαμενή, β) η ύπαρξη τουλάχιστον τριών πλακόστρωτων στο δώμα που κάλυπτε την εγκιβωτισμένη δεξαμενή, γ) νέοι τοίχοι και κατασκευές. Ακολούθησε ανασκαφική έρευνα όπου αποκαλύφθηκαν τα εξωρράχια του θόλου της δεξαμενής, αλλά και ο περιβάλλων χώρος της. Τέλος κατασκευάσθηκε αναλημματικός τοίχος στα δυτικά της δεξαμενής για την προστασία της από τις κατολισθήσεις, λόγω του φυσικού πρανούς.
